Alagrupiturniiril osalevad 32 meeskonda, kes loositi kaheksasse alagruppi. Neljaste alagruppide loosimiseks koostati neli tugevusgruppi, milles Flora paiknes kolmandas ehk alagrupis on veel üks eeldatavasti nõrgem klubi.

A-alagruppi loositi LASK, Maccabi Tel Aviv, Alashkert, HJK.

C-alagrupis hakkavad mõõtu võtma AS Roma, Luhansk Zorja, Sofia CSKA, Bodö/Glimt.

D-alagruppi kuuluvad AZ Alkmaar, CFR Cluj, Jablonec, Randers.

E-alagrupis hakkavad edasipääsu eest madistama Praha Slavia, Feyenoord, Berliini Union, Haifa Maccabi.

F-alagruppi loositi FC Kopenhaagen, Saloniki PAOK, Bratislava Slovan, Lincoln Red Imps.

G-alagruppi kuuluvad Tottenham, Rennes, Vitesse, Mura.

Kaheksandas, H-alagrupis selgitavad edasipääsejad Basel, Qarabag, Almatõ Kairat, Nicosia Omonia.

Alagrupiturniiril mängivad kõik neli võistkonda üksteisega läbi ning play-off-mängudele pääsevad iga alagrupi kaks esimest.

Konverentsiliiga alagrupikohtumiste esimene mängupäev leiab aset juba 16. septembril.