1953. aastal Dünamo motoklubis Feliks Lepiku juhendamisel mootorisporti harrastama hakanud Kiisa tuli 1962. aastal ringrajasõidus 350 cm3 A ja 350 cm3 B masinaklassis Nõukogude Liidu meistriks ning võitis vahemikus 1958-69 ka kuus hõbe- ja kuus pronksmedalit.

Ringraja- ja motodroomisõidus, moto- ja talimotokrossis tuli Kiisa 23-kordseks Eesti meistriks ning võitis neljal korral Kalevi suursõidu (1959 250 cm3 A, 1965 ja 1966 350 cm3 A ning 1968 350 cm3 B masinaklassis). 1964. aastal saavutas ta ringrajasõidus MM-il Soome GP-l 350 cm3 masinaklassis kolmanda koha ja oli MM-i tabelis kaheksas, aasta hiljem sai ta Saksamaa LV GP-l Nürnburgringil samas masinaklassis viienda koha.

2001. aastal valiti Kiisa 20. sajandi Eesti parimaks mootorrattasportlaseks, alates 2020. aastast kannab tema nime Eesti parima mootorrattasportlase rändkarikas. Endel Kiisa oli motosportlase Virve Kiisa abikaasa ning kardi- ja vormelisõitja, hilisema autospordiliidu presidendi kohusetäitja ja mootorrattaspordi föderatsiooni presidendi Marek Kiisa isa.