Rotterdamis sündinud Beenhakker alustas treenerikarjääri 1965. aastal, 14 aastat hiljem sai temast Amsterdami Ajaxi peatreener. Tema karjääri tippaastad olid vahemikus 1985-92, mil ta juhendas nii Hollandi koondist, Ajaxit kui ka Madridi Reali.

Realiga tuli ta kolmekordseks Hispaania meistriks, Ajaxiga kahekordseks Hollandi meistriks ning lisas 1999. aastal auhinnakappi koduriigi meistritiitli ka Feyenoordiga.

Hiljem sai temast Poola koondise juhendaja ning ühtlasi esimene treener, kes viis poolakad 2007. aastal Euroopa meistrivõistluste finaalturniirile. Viimase aastakümne jalgpallis veetis Beenhakker Feyenoordi ja teise Rotterdami klubi Sparta tagatubades tehnilise direktori ja nõunikuna.