Markkanen alustas oma profikarjääri kodumaal, kuid siirdus 2017. aastal USA-sse, kus tudeeris ja mängis Arizona ülikoolis. Pärast üht aastat andis Soome ääremängija end NBA draft'iks üles, kus Minnesota Timberwolves ta seitsmendana valis.

Wolves saatis aga soomlase koheselt Chicagosse, saades vastu Jimmy Butleri. Markkaneniga koos siirdus Bullsi Zach Lavine ja Kris Dunn.

Markkanen mängis Chicagos neli hooaega, misjärel saadeti ta vahetustehinguga Cleveland Cavaliersi, kus ta veetis ühe hooaja. 2022-23 hooaja eel oli ta taaskord seotud tähtmängija vahetuses, kui ta saadeti Utah Jazzi, kes loovutas Clevelandile Donovan Mitchelli.

Markkanen tegi esimesel hooajal Utah's läbimurde, kui viskas keskmiselt 25,6 punkti ja haaras 8,6 lauapalli. Suurepärase hooaja teinud soomlane valiti tähtede mängule ning hooaja lõpus liiga kõige enam arenenud mängijaks. Möödunud hooajal panustas ta 55 mängus keskmiselt 23,2 punkti, 8,2 laua ning kahe resultatiivse sööduga, kuid Jazz lõpetas läänekonverentsis 12. kohaga.

Soomlase nimi kõlas aga taaskord hooaja vältel vahetuskõlakates, muuseas oli juttu Golden State Warriorsist. Jazz pani aga neile kõlakatele vähemalt järgmiseks hooajaks lõpu, kui pikendas Markkaneniga lepingut. Tema uue lepingu kestvus on viis aastat ning koguväärtus on 238 miljonit dollarit.

Lisaks on lepingus klausel, mis keelab klubil mängijat teise tiimi vahetada, seega sai 27-aastane soomlane kindluse, et mängib vähemalt järgmise hooaja Utah'is. "See on surve mu õlult," ütles ta ESPN-ile. "Saan keskenduda ühele asjale: kõrgel tasemel korvpallile. Ma ei peaks muretsema, aga seda on raske teha, kui sa kuuled oma nime neis juttudes. On hea tunne, et saan Utah'is olla."

Markkaneni kõrval on Jazzi põhipanustajateks tagamehed Keyonte George ja Collin Sexton, meeskond nõjatub ka tänavuse draft'i kümnenda valiku, Colorado ülikooli ääremängija Cody Williamsi peale.