EJL asutati 14. detsembril 1921 kolme klubi (Eesti Spordiselts Tallinna Kalev, Tallinna Jalgpalli Klubi ja Võimlemisselts Tallinna Sport) üheksa esindaja poolt (Bernhard Abrams, Karl Akel, William Fiskar, Julius Reinans, Oskar Raudsep, Otto Silber, Hans Roost, Verner Eklöf ja Vladimir Tell). Alaliidu esimene esimees oli Gustav Laanekõrb.

EJL võeti FIFA liikmeks 1923. ja UEFA liikmeks 1992. aastal. Pärast teist maailmasõda okupatsiooni tõttu katkenud EJL-i tegevus taastati 3. detsembril 1988.

Tänapäeval on EJL Eesti suurim spordiorganisatsioon, mis korraldab 15 erineva rahvuskoondise tööd ja nende kodumänge, viib läbi Eesti täiskasvanute ja noorte meistrivõistlusi ning erinevaid karikavõistlusi, koolitab kohtunikke ja treenereid, litsentseerib klubisid ja mängijaid, töötab välja regulatsioone, arendab infrastruktuuri jne. Eesti spordiregistri andmetel on Eestis 22 982 jalgpalliharrastajat.

Lisaks 2023. aastal Eestis toimuvale U-17 neidude finaalturniirile on EJL jalgpalli suurüritusi korraldanud ka varasemalt. 2018. aastal korraldas EJL Tallinnas A. Le Coq Arenal UEFA superkarikafinaali, 2012. aastal võõrustati Tallinnas, Rakveres ja Haapsalus U-19 noormeeste EM-finaalturniiri. 2020. aastal pidi erinevates Eesti paikades toimuma ka U-17 noormeeste Euroopa meistrivõistluste finaalturniir, ent koroonapandeemia tõttu jäi see ära.